问题在于，未经审批机构批准的股权转让协议的效力若何？无效，抑或未生效？《中外合资经营企业法实施条例》第20条指出，违反审批规定的股权“转让无效”。由于《中外合资经营企业法实施条例》为行政法规，《合同法》第52条又将违反法律、行政法规的强制性规定的合同视为无效，许多法院或者仲裁机构裁判此类股权转让协议无效。这也是司法实践中的通常做法。
《合同法》第44条规定：“依法成立的合同，自成立时生效。法律、行政法规规定应当办理批准、登记等手续生效的，依照其规定”。因此，外商投资公司的股权转让只有获得审批机构的批准才能生效。又根据最高人民法院1999年12月19日发布的《关于适用合同法若干问题的解释》（一）第9条第1款之规定，“依照《合同法》第44条第2款的规定，法律、行政法规规定应当办理批准手续，或者办理批准、登记等手续才生效，在一审法庭辩论终结前当事人仍未办理批准手续的，或者仍未办理批准、登记等手续的，人民法院应当认定该合同未生效”。依反对解释，必须办理批准手续才生效的合同，倘若在一审法庭辩论终结前当事人办理了批准手续，则该合同应当认定有效。再参酌2005年12月26日最高人民法院引发的《第二次全国涉外商事海事审判工作会议纪要》第88条之规定，“外商投资企业的股权转让合同，应当报经审查批准机关审查批准，在一审法庭辩论终结前当事人未能办理批准手续的，人民法院应当认定该合同未生效”。
最高人民法院的上述司法解释和司法态度既体现了尊重审批机关对外商投资企业的股权转让合同依法监管的理念，又体现了成全股权转让双方当事人意思自治的思想，可谓对《合同法》第44条规定的忠实解释。笔者认为，应当将未经审批机构批准的股权转让协议视为已成立、未生效的行为。
笔者在2006年2月10日与广东省高级人民法院民二庭有关法官座谈时，也欣闻此类创新的裁判思维。对于此类判例，笔者深表赞同。理由之一是，将未经审批机构批准的股权转让协议视为未生效，贴近《合同法》第44条的立法原意。转让双方签署股权转让协议后未履行批准手续，自然属于已成立而尚未生效的合同。毕竟，未经审批机构批准的股权转让协议不同于已经报请审批机构批准、而遭到审批机构否决的股权转让协议。
理由之二是，将未经审批机构批准的股权转让协议视为未生效，更贴近当事人契约自由的内心真意，而且强化了转让双方继续履行股权转让协议审批程序的信心，有助于促成而非压抑股权交易活动，充分有助于充分体现服务型的裁判思维。如同看待四十五度斜坡上的一辆汽车一样，与其将其看作正在下滑的汽车，不如将其看作正在奋力前行的汽车一样更振奋人心。
理由之三是，将未经审批机构批准的股权转让协议视为未生效，有利于有效地预防转让方的投机心理和道德风险。否则，转让方在与受让方签署股权转让协议后有可能稳坐钓鱼台，迟迟不启动审批程序，而是坐等牟取高额转让利益的二次转让机会。
理由之四是，由于合同法理论储备的不足，加之立法技术较为粗糙，我国许多立法文件包括行政法规并不严格区分合同法“无效”与“未生效”。其实，就私法领域的民事行为而言，即使民事行为的法律效力要履行行政审批程序，也不能抹煞民事行为的私法自治性质，更不能将民事行为转化为行政行为。毕竟，民商事主体基于被审批的民事行为而取得的利益并非源于审批机构，而仍源于民事主体的意思自治。因此，将《中外合资经营企业法实施条例》第20条中的“无效”解释为“已成立、未生效”更接近私法自治精神。
股权转让合同究自何时起生效，是自批准之时，还是自登记之时开始生效，对转让双方的权利义务以及外商投资企业的正常运营影响甚大。
为充分贯彻公权力对私法行为的适度干预，并早日确定转让双方之间的权利义务关系，笔者认为，应当严格区别股权转让合同的效力与股权变动的效力。其中，股权转让合同自股权转让合同被审批机构批准之日开始生效，而非股东名册变更之日，亦非公司登记机关办理股东变更登记之日。毕竟，股权变动以及股权变动事实的公示仅是合同履行的结果，而非合同生效的条件。恰恰在审批机构审批之日，转让双方的契约自由获得了公权力的首肯。
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