政府公共建设工程一般资金预算并无问题，但是，公共工程的拨款进度经常受到政府办事效率的牵制，有时公共建设工程的专项资金被挪用，也会引发工程结算纠纷。
（二）建设工程发包过程中不法行为遗留的后遗症。
建设工程发包过程中影响结算的不法行为有如下几种情况：
1．建设工程招投标程序中的不法行为，使得对参与投标的施工单位的资质疏于把关，让无相应资质的承包方以挂靠方式通过资格预审。这些挂靠施工队由于技术、设备或人员素质无法真正按照招投标要求施工建设，其质量可想而知，挂靠行为在建设过程中很容易被发现，一旦发包方人事变动，几乎必定会引起工程质量、违约、取费标准等结算纠纷之争。
2．招投标程序中的串标、泄露标底的行为，导致建设工程款被人为抬高或者压低，工程竣工时发生显失公平之争。当然有时候中标合同的工程款也比较公正，但天下终究没有免费午餐，承包方为达到中标目的所支付的所谓“公关经费”最后都得从工程款中列支付。如果这些公关费用过大必定会挤占应付建材款、员工工资与分包单位工程款，从而引发建筑材料品质结算之争或总承包与分包单位结算单位之争。
（三）缺乏有效的诚信机制导致人为的无争议结算纠纷。
建立有效的诚信机制是我国走向市场经济过程中一个亟待解决的问题，在建设工程领域则尤为突出。由于建设工程款的金额巨大，即便没有任何腐败行为，发包方无论从降低建设成本角度还是从资金有效利用角度都禁不住地想在应付工程款上进行算计。实践中有三种表现方式：其一寻找克扣工程款的理由；其二拖延工程款的支付，将应付工程款挪用其他用途；其三以拖欠方式逼承包方折让。有时是一种方式，有时是多管齐下。
发包方的伎俩承包方其实很明了，这并不奇怪。但真正令承包方困惑的是法制的软弱助长了发包方的非诚信气焰，因为发包方的非诚信行为有时可以合法得逞。因为许多承包方虽然通过诉讼或仲裁，得到了结算纠纷的胜诉判决或仲裁裁决，却因我国尚未制订完善的强制执行法，败诉后发包方有时通过种种不可思议的方式转移资产，居然有可能令人遗憾地逃避强制执行。例如广东省某大型建筑公司在承建广州市人民路某大厦项目时被拖欠工程款余款人民币1000多万元，然而笔者在代理该公司起诉时，却发现投资这个大型项目的发包方居然都无法找到，最后法院只好公告送达，判决胜诉后进入执行程序时也找不到可执行资产，因为该项目已经销售完毕。
在建设工程中，建筑公司作为承包方是非诚信行为的最大受害方，本应对此类行为深恶痛绝。然而，奇怪的是当角色转换，少数建筑企业成为债权人时，有时也作出不诚信的事来。例如某军事单位与上述广东省某建筑公司合作的房地产项目中，该建筑公司扮演着投资商的角色，可是项目竣工处分完毕时，这个公司连应付军事单位的征地款人民币700万元都未支付。广州某法院执行了两年多居然找不到可执行财产。
由此可见，非诚信行为是建设工程领域最大的危害。司法制度的缺陷与软弱又助长了该领域的非诚信之风。非诚信引发的结算纠纷表现在发包方在竣工验收、工程决算及5%尾款支付甚至毫无根据的拖欠等方面制造人为纠纷。
（四）买方市场下，建设工程发包方滥用市场优势，合同双方权利失衡。
随着我国市场经济的日益深化，市场竞争日趋激烈。建筑行业也不例外，始终处于僧多粥少的买方市场状态。正因为如此，许多发包方企图从买方市场中攫取非正常利益。表现在对工程承包方提出不合理的要求，承包方尽管知道不尽合理，为了市场生存也只得接受。例如在某60万吨污水处理项目中，招标方要求投标单位另行建设600吨的小型污水处理项目。更多发包方在工程建设过程中对新增加的工程量提出附加的苛刻条件，否则以工程款的支付进度相要挟。前述引起最高人民法院及媒体高度关注的建设工程阴阳合同，正是买方市场效应的真实反映。
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