（十）总包与分包之争。由于现代社会的分工越来越细，实际上一个大型建设工程难以由单一的总承包商完成，而且有些劳务作业需要大量的人力，也无法由总承包公司独立完成。因此，总承包单位承揽建设项目后经建设单位同意，一般都会将其中的专业工程和劳务作业分包相应的分包单位。如果发包方就全额工程款结算完毕，则发生结算争议的可能性较小，如果发包方只进行部分结算，则很容易酿成总承包单位与分包单位的争议。而且总承包单位与分包单位之间除工程款结算外，还存在着管理费之争。如果建设单位参与指定或者暗示分包单位，则引起的工程款结算纠纷会更复杂。这类纠纷在建设工程领域比较普遍，2004年2月3日，建设部还特别颁布《房屋建筑和市政基础设施工程施工分包管理办法》加以特别调整。
（十一）发票之争。建设工程款绝大部分都是分期付款，建设工程的成本核算需要工程竣工后才能进行。因此，少数民营企业发包方在分期付款时可能会忽视立即索取工程款发票。而某些承包方，特别是挂靠性质的临时施工队，为偷逃税收有时以未收到全额工程款为由，拒绝开具税收发票。当全额发票应付的税款超过剩余工程款时，这种纠纷发生的可能性更大。笔者代理的广州榕X花园建设工程结算纠纷即因发票而起。在该案中，发包方与承包方对工程结算及支付并无争议，但当工程款只剩下5%（120万元）时，发包方要求施工单位开具累积已付2280万元工程款发票，施工项目公司负责人却不见踪影。经调查发现所谓的承包人实际是临时拼凑的施工队，挂靠具备资质的建筑公司而已。
（十二）5%尾款之争。建设工程竣工移交后，承包人按照合同要求应在一年内进行保修。为了保证承包方履行保修义务，发包方一般在合同中约定工程款支付95%工程款后，余下5%工程款留待一年保修期满后再行支付。有的合同采取工程款先付，由承包方另行出具5%工程款的银行保函加以保证。5%尾款争议的原因在于承包人是否在保修期内适当履行了保修义务。
（十三）阴阳合同之争。这在建设工程领域有一定的代表性。实力雄厚的建设工程发包方利用其在签约中所处的优势地位，就同建设工程除与承包人公开签订建设工程施工合同（“阳合同”）外，又强迫承包人签订另一份包括工程价款、工期等方面内容与“阳合同”不一致且有利于发包方的建设工程施工合同，即所谓“阴合同”。进入结算阶段时，两份相矛盾的合同究竟谁是结算标准成为争议焦点。按照普通合同法原理，应该认定阴合同标准（因为时间在后），按照招投标法，应该认定阳合同标准（因为该合同系公平竞争的招投标结果）。2003年12月最高人民法院公布的《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律若干问题的解释》（征求意见稿---至本文脱稿之日尚未生效）第六条就明确提出阴阳合同问题。
二、建设工程结算纠纷内在诱因
上述司法案由只是建设工程结算争议的外在表现形式，充其量只是表象而已，为什么在我们国家会涌现这么普遍性的工程结算纠纷呢？笔者认为，必须透过上述案由的表象才能发掘出引发结算争议的真实诱因。根据对上述案由深层分析以及对实务的观察，特别是作为一名执业律师，在实践中分别为发包方与承包方都提供过法律服务，对争议背后的真实动机也有所耳闻。笔者认为，上述各类建设工程结算纠纷中，既有真实的纠纷，也有其他不正常诱因演变的结算纠纷，归纳起来至少有如下几种：
（一）建设资金准备不足或资金被挪用。
建设工程一般有两类，其一是商业性质的房地产开发；其二是政府公共建设工程。
房地产业的开发商很少准备足额的自有资金进行房地产开发。正常的作法一般只准备前期部分资金，其余建设资金来自两个方面：其一是银行融资；其二是收取购房户的预付款。其中后者在不同时期表现有所差异。在2001年8月15日《城市商品房预售管理办法》修改前，开发商取得预售证比较容易，只要工程量超过±0.00以上即可获得预售许可证，开发商立即向外发售，以收取的预售房款支付工程款。因为这种方式给不良开发商钻了空子，并遗留了烂尾楼的社会难题。2001年8月15日以后，政府加大了对预售证的管理力度，房地产基本框架未完成前很难取得预售许可证，但精明的开发商因应政策的变化，采取“内部认购”的方式变相收取购房款。无论是银行融资，还是收取预售房款，都不一定能保证建设资金及时支付。因为开发商融资能否成功除担保外，还受国家信贷政策的制约，而预售款的收取受房地产市场大局及该项目设计及宣传力度的影响。任何一个环节的阻滞都将影响开发商的支付能力，从而引发工程款的结算纠纷。
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