（五）竣工决算时间之争。建设工程承包合同签署之前承包方会提交一份预算报告，工程竣工后再由承包方提出决算报告，然后报经发包方审核，达成一致后由发包方支付。承包方提交决算报告的前提是工程“竣工”。“竣工”这一概念在建设工程领域本来是一个无争议的技术概念，即合同项下的工程量已完成。但笔者发现许多发包方或者过分谨慎或者出于其他难以言表的目的引进商品房买卖领域的“竣工”概念，添加了“项目验收”或“综合验收”的内涵。众所周知，商品房买卖合同中的房地产“竣工”是一个法律概念，比建设工程承包合同的“竣工”要复杂得多。例如土建工程的工程内容只包括外围框架工程，但商品房买卖合同中，哪怕最低要求的“竣工”，除外围框架结构外，还必须包括内装修、即水电到户与设计间隔等，如果使用综合验收的标准就更复杂了，除上述要求外，还包括小区配置及消防验收。承包方往往为了承揽业务，对发包方在合同中设下的“竣工”概念陷阱不加防范。一旦中招，即便合同约定的工程量履行完毕，发包方也以整个工程没有“竣工”为理由，而拒收承包方的决算报告。因为“决算不成熟”，当然也就可以堂而皇之地拒付工程款了。
（六）显失公平之争。这只是个别案例，有时发包方与承包方在建设工程承包合同中约定了一个比市场更高一点的工程款（个中原因彼此心照），但建设期间发包方负责人更换，对早先的内幕交易并不知情或者知情也装糊涂，新的负责人等待工程竣工后，对承包方的决算报告合理地质疑决算偏高。笔者在处理某国营企业的消防工程款纠纷时，发现某消防公司提交的工程决算价连笔者这个非专业人士都认为偏高，发包方的聪明才智更是勿庸置疑。后来法院指定的中介机构重新审核，果然核算价比决算价低40%（建设工程款只允许5%的偏差）。
（七）违约之争。无论承包方的逾期竣工，还是发包方未能提供施工进场的条件（如施工现场未能通水、通电、通路等）、中期擅改设计、未按形象进度支付进度款、建设工程材料不能及时供应从而造成停工、窝工等情形，最终都以违约金的形式反馈到工程款的结算中。违约之争在建设工程结算纠纷中比较常见。
（八）建筑材料品质之争。建设工程招投标时对工程主要建筑材料品质有所要求或承诺，但由于建筑材料市场供求关系的影响，有时使得承包方转而采用合同外的其他建材，因此引起结算纠纷是不可避免的。2003年上半年，由于国际市场的剧烈变动，建筑材料如钢材价格大幅度上涨，有的涨幅高达40%。而承包方进行建设工程投标时一般只考虑了5%的价格上涨幅度，最多不会超过10%。面对40%的涨幅，如果发包方与承包方未能达成谅解（或者提高工程款或者工程延期等待建材市场价格回落），承包方就只能寻找低品质的替代品。最后因建筑材料品质引发工程款结算纠纷。
（九）沉默的决算书效力之争。建设工程领域一般倾向于采用格式化的建设工程承包合同，最多只对个别条款略加修改。这些格式合同中一般都包含决算异议期限，即发包方收到承包方决算报告后在10天内必须提出意见，逾期无答复视为同意。例如89年版的《广州市建筑安装工程承发包专用合同》第十二条第二款即如是规定。但合同实施起来远没有这么简单。当发包方系国营企业或政府部门时，我国公职单位固有的效率低下的陋习使得发包方不可能在规定时间内作出反应。有时发包方资金没有调动到位，为了扣押决算书拖延支付时间，往往通过非授权职员收件，最后收件人自己承认未能转交授权人员，自然也无法反应。而承包方认为发包方收到决算书后，在约定时间内未提出意见，根据合同规定，决算书已经生效，要求立即结算付款，而发包方则以授权人员未收到决算书，或者审核需要时间或声称已经聘请中介机构进行核算相抗辩。在这类纠纷中，沉默决算书的效力成为争议焦点。
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