在分配举证责任问题上，虽然修正后的刑事诉讼法明确要求了举证责任由控方即公诉机关来承担，但在实际的司法审判实践中，裁判者往往通过回避或模糊举证责任、对被告人提供的相关线索过于严格和苛刻的方式而未能将证明责任倒置给控方，相反转嫁给了被告人。比较典型的做法是，在司法实践中，被告人提出因刑讯逼供而翻供后，法官要求被告人及其辩护人提供详细的侦查人员的姓名、非法取证的时间、地点、具体方式、详细内容，而被告人往往因受到长时间持续性的高压讯问、收押期间记忆力下降、刑讯导致的身体虚弱等原因无法将刑讯的具体细节特别是具体的时间等交代清楚，法官则以未能提供相关的线索为由不予批准启动非法证据排除程序。

　　2、非法证据排除的证明标准在实践中大为降低

　　《非法证据排除规定》对我国非法证据排除的证明标准是公诉人在承担证明责任时适用“排除合理怀疑”而非“优势证据”的证明标准。修正后的刑事诉讼法要求检察院对被告人所指控的证据的合法性的证明，须达到确实、充分、排除合理怀疑的程度。法院经审查后查实确实存在以非法方式收集证据情形的，或不能排除合理怀疑的，则对相关证据应予以排除。

　　在实际的司法审判过程中，被告人提出因受到刑讯逼供而翻供并申请启动排除非法证据的程序时，控辩双方经常各执一端。被告人坚持在侦查取证阶段受到逼供、威胁、诱供等，讯问笔录中的供述并非出自个人意愿，而公诉方往往对此采取出具未刑讯逼供的书面材料、侦查人员出庭自证没有刑讯等方式，更多时候控辩双方是围绕着讯问笔录纠缠不清，由此导致非法证据排除程序的法庭审判调查无法得以深入进行，最后基本上是以走过场的形式结束审判过程。在法院要求提供讯问时的录音录像、看守所出具的健康检查证明等资料或者通知侦查人员出庭作证时，公诉方经常采取有选择的使用或提供相关取证证据的方法，而法院也往往对其做法和态度一忍再忍。因此最终使得非法证据排除的证明标准在司法实践中被大大降低了。

　　3、“笔录中心主义”传统的影响

　　我国法院在审判案件的过程中，长期存在着“笔录中心主义”的传统。在司法实践中，法官进行开庭前的准备工作是通过阅读公诉方提交的案卷笔录来实现的，而对于证人证言、被害人陈述、被告人的供述等言词证据往往采用宣读案卷笔录的方式开展法庭调查的。此外，法院在判决中甚至会援引侦查人员制作的案卷笔录，并将其作为法院裁判的基础和依据。由此可见，对案卷笔录的过度依赖，实际上架空了庭审程序，被告人的庭审翻供问题很容易被忽视，甚至是否开庭审理案件对最终的判决结果影响极小，因而审理阶段的直接言辞原则同样被束之高阁了。

　　4、非法证据排除规则难于实施的其他因素

　　除上述程序性困难外，非法证据排除规则在司法实践中还有现实的阻碍，主要表现为在目前我国司法实践中“案多人少”的现实情况下，司法机关破案的压力非常大，未破获的案件如果越积累越多，社会公众尤其是受害人的不满情绪会越来越强烈。在此背景下，破案率就成了司法机关工作人员业绩考核的主要指标。因而，为节省时间、人力、物力和财力，办案人员往往倾向于通过刑讯或变相刑讯、威胁、诱供等方式来获得犯罪嫌疑人或被告人的供述，然后根据其口供中提供的相关线索进一步收集判决案件的关键证据，在证据之间相互印证，以确定犯罪事实。此即所谓的“毒树之果”。此外，公检法机关及其工作人员对于刑事案件证据证明标准、相关法律规定的不同理解，也在很大程度上造成非法证据排除规则实施的困难。

　　四、完善非法证据排除规则的建议

　　我国非法证据排除规则在实施中既然面临程序上的问题，也有现实的阻碍。因此，笔者认为，应采取综合性的有效措施来推进非法证据排除规则的顺利实施。