但如果该程序上的瑕疵侵犯了股东的重要权利，如知情权、表决权，一旦该股东向法院提起诉讼，要求撤销该决议，则其很可能会被法院撤销。如某股东在股东会召开前一直没有收到召集通知，也没能参加股东会会议，后来得知在该次股东会上，其股权被部分(或全部)转让给其他人，导致其股权减少或丧失，则一旦该股东在规定的时间内向法院提起诉讼，要求撤销该决议，很有可能该股东会决议会被撤销或被认定为无效(因股东会决议内容不合法)。

　　(2)因程序瑕疵主张撤销时应注意的问题：

　　新《公司法》规定，因程序瑕疵主张撤销股东会决议的，股东可以自决议作出之日起六十日内，请求人民法院撤销。但由于新《公司法》及《最高人民法院关于适用《中华人民共和国公司法》若干问题的规定(一)》对六十日均未做其他解释，所以应注意：1、该时间为除斥期间，即，股东只能在自决议作出之日起六十日内向人民法院提请撤销请求，超过六十日，则其请求权自行消失，没有任何理由能使该期间终止、中断。2、该请求权只能在“自决议作出之日起六十日内”，而非知道或应当知道之日起六十日。

　　(3)该除斥期间规定所存在的问题：

　　设置六十日的除斥期间，其中的考虑或许是为了维护交易或市场秩序，避免某一交易长期处于不稳定状态，但由于60日是一个除斥期间，是一个自然时间，没有任何中止、中断的规定，而且其起算点是从股东会决议做出之日，若股东在该期间内没有得到相关信息或不能处理该问题，则就永远丧失了该项请求权。无疑，这一除斥期间的规定增加了股东对自身权益的监管成本和对股权及收益保护的风险系数。笔者认为，若六十日不变，则起算点可从知道或应当知道之日起计算;或者对于该问题是否超过诉讼期间的证明责任由公司方承担，若其不能证明公司方在有效时间内已通知了股东，则应认定为公司方没有通知。

　　(4)股东会决议被撤销后，如何对待善意第三人是现行《公司法》的一个空白点，希望能够尽早给予完善。

　　根据《合同法》之有关规定，被撤销的合同自始没有法律效力。如果这一原则也适用于新《公司法》关于股东会决议之相关条款，那么新《公司法》第 22条规定的公司股东会决议被撤销后，也将产生追溯力，自始无效。但在决议被撤销前，公司可能已根据决议与公司外部第三人签订了合同(例如公司已根据股东会决议将其持有的公司股权转让给第三人)，如果该第三人属善意第三人，如何处理?善意第三人的权益如何保护?是由公司承担赔偿责任，还是由参会股东承担责任?《公司法》未对此作出规定，建议司法解释予以明确。

　　2、内容瑕疵股东会决议：

　　(1)认定内容瑕疵股东会决议的处理原则：

　　由于新《公司法》第二十二条第一款明确规定，股东会决议内容违反法律、行政法规规定的无效，即，只要股东会作出的决议违反了国家颁布的基本法律或国务院颁布的行政法规，即可认定为无效。

　　但对于违反了行政规章和地方性法则的股东会决议，则没有列入被认定为无效的决议范围内。而且，违反了公司意思自治形成的章程，则归入了可撤销的范围内。

　　由上比较可知，相对于认定一股东会决议可撤销所需要的条件而言，认定为一股东会无效所需要的条件要严格更多。笔者认为，其原因主要有以下几点：

　　1、公司本身的性质：公司作为社会组成分子，本身具有团体性和公开性。股东会决议一经做出，即产生法律效力，对公众第三人产生法律上的预期，如果仅因些许程序瑕疵即被认定为无效，显然不利于法律关系的稳定，甚至会损害公司的效率和利益。

　　2、法律与行政法规是我国高阶位法律法规，其规定的往往是基本、原则性的规范，而地方性法规与行政规章则是根据法律、行政法规制定的，又不可避免带有地方色彩和部门特点，如果以地方性法规与行政规章作为认定决议无效的标准，不利于法律法规的统一性，也不利于维护法律威严。