而且，这项本着“缓解道路拥堵”、“利民”而诞生的政策，从一开始就争议不断。　　

　　2004年，商务部部长助理黄海曾公开表示说，上海的这一做法违反了从2004年5月1日开始实施的《中华人民共和国道路交通安全法》，“希望上海方面能够按照新的道路安全法规，对这个行为再进行一次认真的研究”。　　

　　一位上海市民在接受记者采访时反驳说，限制私车发展以防止城市交通恶化的动机当然不错，但问题是，城市交通和私车发展一向是个“先有蛋还是先有鸡”的问题。如果以牺牲私车发展为代价而避免城市交通的拥堵，那么，大力发展城市交通很大程度上也失去了其原有的意义，因噎废食的办法显然失之简单。更有人明确指出说，上海实行车牌拍卖这么多年，交通状况不是更通畅反而是更加拥堵，这一方面固然是由于大量挂着异地车牌的车辆涌入上海，使得车牌拍卖的“壁垒”形同虚设，另一方面也跟寄望于拍牌“壁垒”而在客观上减缓了城市道路的建设有关。　　

　　不过，同济大学交通工程系主任杨晓光说：“虽然上海的交通还是堵，但是车牌拍卖还是在一定程度上控制了汽车总量的增长。”　　

　　上海市的一些政协委员在调研后也表示，现阶段，公共交通没有形成网络体系，也没有更好的管理办法出台，因此，新增机动车额度拍卖可以起到控制新增机动车总量、缓解交通拥堵的作用。　　

　　根据上海市有关部门提供的数据显示，自1994年对新增机动车实行投标拍卖至2007年11月，上海市减少了约125万辆机动车投放。上海城市交通管理局副局长五一说：“额度拍卖是对城市的机动车总量控制，不是包治百病的药，但总的来说是有效的。”他举例称，在国内某个城市，2007年一年投放的车辆超过46万辆，而上海2007年一年不足9万辆。　　

　　杨晓光认为，对于车牌拍卖制度最大的争议是在于其治标没治本，“就像是洪水来了，你在其他准备还不充分的情况下，首要的事情是筑堤将洪水拦下来，不过这只是治标，加紧修泄洪区、采取综合治理措施才是治本。而且当初拍卖后所得的经费使用情况也是关注的焦点”。　　

　　悬疑：　　

　　百亿资金究竟流向了何处？　　

　　对于拍卖所得款项去处问题，上海市政府一直没有公布具体使用细节，只有一个笼统的说法是，拍卖款为94.2亿元，其中39亿元用于上海中环线工程建设，36亿元用于轨道交通建设，专户余额为16.9亿元，这一说法被认为过于含糊，而且有人根据历年媒体的相关报道情况进行不完全统计，算下来的数字约为137.54亿元，因此围绕着这一问题的质疑声越来越大。　　

　　在今年1月的上海“两会”期间，对于上海车牌拍卖所得款项去向的质疑更是成了焦点话题，先后有数位代表提交了关于公开私车额度拍卖款使用情况的书面意见。上海市君悦律师事务所律师刘正东在其提交的《关于对本市私车额度拍卖款项收支情况进行公开的意见》中表示，“为了避免社会各界对拍卖款不必要的猜测，也为了保证社会公众以及人大、人大代表的知情权”，建议有关部门对上海1994年至2007年的拍卖收入，以及使用情况进行一次专项审计，并将审计情况向人大以及人大代表报告；在此基础上，从2008年起，每年将该项收入向人大书面报告，或者在年度预决算中予以专项说明，并让人大代表进行审议。　　

　　但是，这些质疑和意见却迟迟得不到回应。上海市城市交通管理局局长李文辉表示，上海市私车额度拍卖联席会议协调小组办公室设在上海市交通局，但交通局只负责拍卖过程，经费使用情况由市发展改革委负责；而上海市发展改革委有关负责人则在接受采访时明确表示，自己“只听取意见，不会解答任何问题”。百亿元资金的去向俨然成了一个“谜团”，而这笔账迟迟不能公开，所引发的怀疑就越发强烈，以至于有公开评论说，上海车牌拍卖收支情况成“谜”，说到底，是公共性资金仍旧缺乏阳光操作、缺乏有效监督的一个缩影。