原则上，估价的一般标准应当是：股东因公司结构发生重大变化前的利益均应得以补偿。相应地，股东如果因为反对公司结构发生重大变化，并且拒绝投票同意该重大事项的变化而行使股份收买请求权退出企业，则该股东不应分享任何因公司结构发生重大变化而带来的收益；同样，异议股东也不应承担因该重大变化而遭受的损失。

在现代市场经济体制下，对资产评估采取的主要方法有市场途径、收益途径、成本途径等方法。而对股权的评估，则受到各种因素质的制约，具有较大的不确定性，例如公司净资产，公司赢利水平，公司的经营策略，宏观的影响，公司资产都会对公司股份的价值产生影响，司法估价的方法包括市场价值法，资产价值法，收益价值法以及这些方法的综合运用。

1、市场价值法

当公司持异议股东反对公司所做的组织机构的重大变更决议时，公司应当按照公平合理的价格购买异议股东的股份。市场价值法的主要标准是证券市场价格或者在获得充分信息后，当事人之间买卖股份的价格。法庭在确定此种股份价值时，往往根据该公司的股票在公开的股票市场上的价格责令公司购买股东的股份。市场价值法的优点在于其简捷性和确定性，它要求法庭以公司的股票价格作为根据，并责令公司以此价格购买异议股东的股份。但是，笔者认为，这种方法也存在着问题。首先，如果异议股东的股份并非公开挂牌交易的股份，此方法难以适用。一般而言，虽然异议股东股份收买请求权在何种性质的公司中都存在，但在有限责任公司中作用更大。但在此种公司中，股东的股份并不存在公开交易的市场，因此，其市场价值也就不好估算。法官在此种情况下不得不通过假想的市场价值来确定异议股东的股份价值。也就是说，法庭通过自己的理解构建一个虚拟的市场，设想该市场中存在着这笔异议股东股份的买卖交易。那么，这假想的交易价格就是公司应该收买异议股东股份的价格。其次，即便存在一个公开交易的市场，并且也存在公司的上市交易价格，但此价格也可能会严重偏离该笔股份的真实价值。由于公司没有公开相关的信息，由于公司内幕交易的存在，公司在做出重大变更的决议时，公司股票价格可能处于不稳定的状况，这也就使公司对异议股东股份的收买价格不一定做到公正合理。在这种情况下，责令公司以这样的市场价格购买异议股东的股份，将会严重损害异议股东的利益。

2、净资产价值法

所谓净资产价值法是指当法庭在确定异议股东的股份价值时，在将公司整个财产扣除公司所承担的全部债务和责任之后，确定股份的收买价值。在具有简单，易操作的优点之后，该方法同样存在着问题。其一，当司法责令公司以公平价格购买异议股东的股份时，公司的财产包括哪些范围，是否包括无形资产，法庭往往难以确定。如果仅考虑有形资产，将会使公司资产价值大大减少，因此笔者以为公司的无形资产必须被包括在内，这样才能充分保护异议股东的利益不被损害。至于无形资产的价值，可以由法院委托专业机构加以评估，与有形资产一并算作公司的资产范围。其二，该立法只考虑了公司资产的帐面价值，几乎不能反映公司的赢利能力和真正的价值水平。公司经过努力而获得的某些利益还仅仅表现为某种潜在的商业上的利益，还没有转化为现实的财产，而这些潜在的利益在异议股东退出公司后可能就会转化为公司现实的财产。因此，根据此种方法评估异议股东的股份，同样会使异议股东的利益遭受损失。

3、收益价值法

这种方法重在考察公司的未来收益以便确定公司的价值。它的理论基础在于：一个企业现在的价值和未来的收益与预期直接联系。当公司有较大的发展潜力时不应静态地考察股份价值，而是应当综合权衡公司发生重大变化前后的资产状况，预测未来的收益，然后给予一定的折扣。在这种估价方法中，需要考察的因素是公司的财产实力、目前状况和未来的发展、特定工业和经济的盈利率、经营者的素质、公司的劳动关系、预期风险等诸多因素。克拉克教授在《公司法则》中阐明了这一观点“要知道，价值总是可以预期的。当我买了一辆汽车、一座房子、一台制作小机械的机器、一份债券或一手股票，我估算出的这些东西的价值，以及我因此愿意为这些东西支付的最大的金额，都取决于我对拥有这些东西之后将获得的利益估计。它们过去曾给别人带来的利益与我的估计没有直接的联系。它们只会作为将来会怎样的证明而与我的估计发生关系”。