农村土地承包法第一条规定：“为稳定和完善以家庭承包经营为基础、统分结合的双层经营体制，赋予农民长期而有保障的土地使用权，维护农村土地承包当事人的合法权益，促进农业、农村经济发展和农村社会稳定，根据宪法，制定本法。”第二十三条规定：“承包方取得承包经营权后，人民政府应当颁发《承包经营权证书》对承包方取得的承包经营权进行确认。”可见土地使用权和土地承包经营权是具有密切联系又有重要区别的不同概念。
首先，土地承包经营权属土地使用权的范畴，发包人对发包土地享有合法的土地使用权是向承包人发包土地的前提条件。土地本身权属不清的，两个以上发包方对同一块土地向不同的承包方或均要求向同一承包方发包的，显然案件的本质是土地使用权纠纷，如不确定谁是合法的土地所有者或者何方享有合法的土地使用权，则不能确定承包合同的有效性，所以应按土地管理法第十六条的规定，由人民政府先行处理。确定发包方的土地使用权人地位后，承包经营合同即具备了民事诉讼的条件。
其次，土地承包经营权的核心内涵是承包人享有合法的土地使用权。这种合法使用权的具体表现在两个方面。第一，发包方是发包土地的所有权人或者在发包前对发包土地享有合法的使用权，具备发包人的资格；第二，承包方的承包经营权是依法（政策、法律、合同）取得。合法取得了承包经营权，即对承包土地享有了合法的土地使用权。
再次，提到土地使用权，更多层次是从行政管理的角度对土地资源进行划分和确定，体现的多是国家对土地资源的管理和保护，主要依行政法调整；提到土地承包经营权时，更多层次是从民事合同的角度对民事主体公平享有土地资源进行调整和规范，体现的多是合同双方在法律框架下的平等协商，意思自治，主要由合同法调整。如作为行政法的土地管理法第十六条规定土地所有权纠纷和土地使用权纠纷应由人民政府进行处理，而作为民法的农村土地承包法第五十一条规定，人民政府对土地承包经营纠纷仅有调解权，无裁决权；国土资源部2003年公布施行的《土地权属争议处理暂行办法》第十四条明确规定，农村土地承包经营权争议案件不作为土地权属案件受理；农村土地承包法、《最高人民法院关于审理涉及农村土地承包纠纷案件适用法律问题的解释》、农业部《农村土地承包经营权流转管理办法》均规定承包经营纠纷由相关部门调解、仲裁机构仲裁或人民法院受理，可见只有人民法院和涉农仲裁机构享有裁决土地承包经营纠纷的职权。土地承包经营纠纷应包括土地承包经营权属纠纷，人民法院有权确定承包方的承包经营权，享有裁决土地承包经营权是否取得、冲突如何解决的审判职权。
审判实践中承包经营权权属冲突的现象不断出现，有的表现为承包合同的冲突，有的表现为农业承包合同登记管理机关的《土地清册》之间的冲突，有的表现为人民政府颁发的《承包经营权证书》之间的冲突，有的则表现为承包合同、《土地清册》、《承包经营权证书》三者之间的相互冲突。但由于理论的模糊和对行政机关的《土地清册》、《承包经营权证书》的效力认识问题，没有看清《承包经营权证书》作为权利的证明与《土地使用证》有着本质的区别。所以目前，存在承包经营权权属纠纷仍被人民法院认为是土地使用权纠纷裁定由人民政府处理的情况。
农村土地承包法第十一条规定了行政机关作为农业承包和承包合同的管理部门，但其职权在于对承包合同的备案和引导，在于对承包合同的双方签订承包合同给予政策支持和行政上的监督。比如张某1994年未取得二轮承包土地，现向村委会主张，村委会不予理睬，张某找到人民政府农业主管部门要求与村委会签订合同，人民政府农业主管部门根据国务院办公厅《关于妥善解决当前农村土地承包纠纷的紧急通知》的精神和农村土地承包法第十一条规定的职权，可以要求或督促村委会与张某签订承包合同。至于合同的效力、合同的履行等纠纷仍非人民政府农业主管部门的职能，亦非人民政府土地主管部门的职能。人民政府因没有处理承包经营权冲突的职权，民事案件被裁定驳回后造成行政机关的不满、尴尬和消极对待，失地农民的合法权益得不到及时的保护，农村土地承包法的立法目的得不到充分的贯彻执行。究其原因，仍是承包经营权理论研究和审判实务尚处在一个刚刚起步的阶段，没有成熟的理论指导审判实践，而人民法院对农业承包政策的生疏和对农村土地承包法的立法宗旨缺乏应有的理解深度，加深了这种错误认识的蔓延。
所以在审理涉农家庭承包纠纷案件时，对经常遇到承包经营权发生冲突的现象，在法律适用上应作具体区分。二轮承包后，当事人未取得二轮承包经营权，由此产生的纠纷属农村土地承包法第十一条规定的政府部门的管理职能，可以纳入土地使用权纠纷的范畴；当事人已经取得二轮承包经营权，土地权属属发包人所有，那么由二轮承包经营权引发的相关纠纷和冲突即不应再纳入土地使用权纠纷的范围，人民法院有权依据案件具体情况按照合同法、农村土地承包法的规定确定一方的承包经营权，而不应以土地使用权纠纷为由裁定驳回起诉。
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