在铁路运输法院体制还没有理顺之前，铁路运输法院的人、财、物归铁路局任命、管理。有别于地方法院的铁路法院目前是向地方铁路局汇报工作，而地方法院是向人大汇报工作。正是因为铁路法院的特殊性，一些地方法院在审理一些特殊案件时，为保证司法公平、公正，避免受到一些因素的干扰，由有指定管辖权的高级法院指定到铁路法院审理。

　　另外，铁路素有军事化管理的美誉，铁路法院作为铁路企业内部的一个职能机构亦受铁路的军事化管理的“熏陶”，在治院治警方面有严格的纪律要求，法官办案讲原则，亦得到地方上级法院的认可。为此，对于一些不适宜地方法院审理的案件，往往指定给铁路法院审理。